織田信長が浅井長政の居城の小谷城を攻めた際、横山城を守る木下藤吉郎（後の豊臣秀吉）が、小谷城が落城する直前にお市と３人の娘を救出した話は有名。
　１５７３年９月、浅井氏が滅亡すると、藤吉郎は戦功により領地を与えられ、羽柴秀吉と名乗り、はじめての城持ちの大名に出世した。
　翌年、今浜に城を造り始める。小谷城で使われていた資材や、竹生島に隠されていた材料を見つけ、それらを使用して造られた。
　１５７５年秋頃、城が完成すると地名を今浜から「長浜」に改め、小谷城から移り住んだ。この頃の秀吉は、信長の先兵として長浜城から北陸や中国地方に攻めに行っていた。
　１５８２年、信長の亡き後、柴田勝豊が城主になるが、すぐに取り返し、賤ヶ岳合戦の拠点にした。
　その後、数々の武将が城主になるが、豊臣氏滅亡により取り壊され、石垣など多くの材料は彦根城の建設に使われた。
　現在の長浜城は、市民の熱意と寄付金などで１９８３年に建設され、歴史博物館として開館した。