三峯という名は、神社の東方にそびえる雲取山、白岩山、妙法が岳の三つの峰が美しく連なることから呼ばれている。神社の由緒は古く、景行天皇が皇子の日本武尊を東国に遣わした時にさかのぼる。日本武尊は甲斐国（山梨）から上野国（群馬）を経て、碓氷峠に向う途中で、雲取山、白岩山に登り、眼下に広がる山川が清く美しい様子を見て、その昔に伊弉諾尊（いざなぎのみこと）・伊弉册尊（いざなみのみこと）が国を生み出したことをしのび、お宮を造営して二神を祀ったのがはじまりとされる。
　現在三峯神社周辺には、日帰り温泉施設「三峯神の湯」、茶亭「小教院」があり、かつて修験の山として栄え、明治の神仏分離まで観音院と呼ばれていた時代の資料等を展示している「秩父宮記念三峰山博物館」などがある。

　雲取山は、標高２，０１７メートル。東京都の最高峰で日本百名山のひとつである。また同時に、埼玉県の奥秩父山系の一峰でもあり、県境である頂上には、測量上の基点となる一等三角点が置かれている。さらに、この三角点から南に約３０メートル程下った所で山梨県とも接しており、一都二県に跨がっていることになる。
　奥多摩側からは眺望の良いなだらかな石尾根が続き、秩父側の三峰からは、頂上付近まで原生林が続いている。この対照的なアクセスルートを有することも、雲取山の魅力である。
　名前の由来だが、紀州の霊山・大雲取山の名を修験者が持ち込んだという説と、この地域で最も高く雲に隠れやすいということから付いたという説がある。