藩主五島家代々の祈願寺で、寺伝によると弘法大師空海が大同元（８０６） 年唐からの帰り道にこの寺に立寄り、唐で修めた密教が国家や民衆のために役立つよう祈願された。翌朝、東の空に輝く明けの明星を瑞兆（良いことがある前触れ）と思い、明星院と名付けたという。
　安置された本尊は虚空蔵菩薩。各天井には、五島藩絵師大坪永章の筆になる１２１枚の花鳥画が極彩色に描かれている。護摩堂には、国指定重要文化財の銅造（薬師）如来立像（飛鳥〜奈良時代初期作）、県指定有形文化財の木造阿弥陀如来立像（平安時代後期作）が安置されている。
　現在の本堂は、安永７（１７７８）年２８代盛運公が火災で焼失していた本堂を再建したもので、檜の芯柱２０本を使用してあり、五島最古の木造建築物となっている。