現在の本能寺は、京都市中京区寺町通御池にあるが、天正一〇（１５８２）年「本能寺の変」の当時は、四条西洞院に３０余坊を構える大寺院であった。今はその地に「之付近本能寺址」と彫られた石碑が立っている。
　創建は応永二二（１４１５）年。日降上人を開基とする法華宗の寺である。現在の寺域は、天正一五（１５８７）年豊臣秀吉の命で移転されたもので、天正二〇（１５９２）年に伽藍が再建され、当時は、現在の御池通りと京都市役所を含む広大な敷地であった。江戸時代の幾たびの火災、そして幕末の蛤御門の変で堂宇を焼失している。現在の本堂は昭和の再建である。
　創建以来のたび重なる焼き討ちや火災。その難を逃れるためか、本能寺門の石札の「能」の字は、右の「ヒヒ」が「去」になっている。
　能書家として知られた藤原行成の国宝「伝藤原行成筆巻」をはじめ、織田信長の遺品や本能寺の変を潜り抜けた茶道具の数々を所蔵する。