明治三十五（１９０２）年、北海道の開拓に入った人たちが、心のよりどころにと、頭無川の東端の堤防の敷地に小さな祠を建立した。これに祖神大國魂神、大己貴神、少彦名神を御鎮祭し、富良野神社の礎となる。５年後の明治四十（１９０７）年、現在の地に移す。
　大正八（１９１９）年には、村社となり、昭和十五（１９４０）年に、郷社に昇格した。
　戦後は氏子会が結成され、神社を整備し、諸設備を新設・改修した。
　平成十四（２００２）年には、御創祀１００周年を迎え、記念事業が行われ、社務所や職者の全面改築等を行った。
　例祭御神幸式では「富良野弥栄太鼓」「富良野獅子舞」が奉納されている。