徳川家康が江戸幕府を開いた１６０３年以前から新宿の総鎮守として存在。新宿自体の地名はこのころからあり、「内藤新宿」「追分新宿」とも呼ばれる宿場町であった。　　
　寛永の年までは現在の場所より約２５０メートル南、今の伊勢丹デパートの付近にあった。寛政年代に朝倉筑後守がこの周辺に下屋敷を拝領したため、現在の場所に移転された。
　たくさんの花が咲き乱れた美しい花園の跡に移転したことで花園稲荷神社と呼ばれたのが社名の由来とされている。昭和４０年に花園神社となる。
　過去２回、（１７８０、１８１１年）大火で焼失を余儀なくされたが、社殿は再建され、新しく劇場を設け、見世物、演劇など興行し大衆に人気があった。
　芸事に携わる伝統がいまでも引き継がれ、現在でも名の通った俳優、芸人などから奉納が多い。