東南院は、金峯山寺（きんぷせんじ）の塔頭のひとつであり、修験道の寺である。本尊は、役行者神変大菩薩となっている。
　開基は役行者で、およそ１３００年の歴史を持つという。開山の際に、本堂とともに本堂から巽（東南）の方角にあたるこの地に建てられたと伝わる。
　貞亨元（１６８４）年、松尾芭蕉が滞在した時、「野晒紀行」に詠んだ句碑が立っている。
　塔正面の鰐口には永禄７（１５６４）年の銘があり、院内にある多宝塔は桧皮葺きの建物で、大日如来・毘沙門天・不動明王などが祀られている。
　東南院のすぐ隣には、標高３７０メートルの韋駄天山があり、そこから望む東南院と多宝塔の桜景色は、えもいわれぬ素晴らしさである。
　東南院は、古い歴史と美しい景観を誇る吉野の建築物である。