長崎県の佐世保市、鹿町町、平戸市にかけての北松浦半島西岸に連なるリアス式海岸の群島である。
　全域が西海国立公園に指定されており、南九十九島は遊覧船パールクィーンが佐世保市鹿子前（かしまえ）の西海パールシーリゾートから出航している他、シーカヤックやヨット等のマリンスポーツも盛んに行われている。
　海の青と島の緑、岩を洗う波の白さがおりなす自然の絵画である。佐々浦を境に平戸に近い北九十九島は男性的、佐世保に近い南九十九島は女性的な趣があり、夕景は特に美しい。
　島の総数は公式には２０８とされている。これは佐世保市等による九十九島の数調査研究会の調査によるものであるが、島の定義等により異説もある。